Genom (DNA) kafe godinama je predmet naučnih istraživanja, a nedavno objavljeni rezultati pokazali su iznimnu podudarnost utvrđenih hromosomskih regija kafe s hromosomskim regijama vinove loze, ali i visoku podudarnost s genomom paradajza.
Kako bi za budućnost osigurali održive količine visokokvalitetnih sirovina poput kakaovca i kafe, prošle je godine grupa naučnika s Francuskog instituta za istraživanje i razvoj i Nacionalnog centra za sekvencioniranje te Sveučičišta u Buffalu, uz pomoć stručnjaka iz Nestléovog razvojno-istraživačkog centra u Toursu, sekvencirala DNA zrna kafe Robusta. Ovo značajno otkriće u budućnosti bi moglo biti ključno za unapređenje prinosa, kvalitet ploda i otpornost prema bolestima i suši, a moglo bi utjecati i na povećanje prihoda poljoprivrednika.
Otkriveno je da je većina genetskih struktura kafe Robusta odgovorna za dvije glavne funkcije, a to su odbrambeni sistem biljke i metabolički procesi. Genom kafe uključuje nekoliko specifičnih gena važnih za obrambene funkcije biljke, među kojima i N-metiltransferaze (NMT) koje sudjeluju u biosintezi kofeina. Kofein je hemijski spoj kojeg sintetizira nekoliko biljnih vrsta, među kojima su kakaovac i čaj, a sintetizira se i u listovima biljke kafe gdje ima insekticidna svojstva, ali i u plodovima i sjemenkama u kojima inhibira klijanje sjemenke. Udjel kofeina u kafi ovisi o varijetetu biljke, geografskom porijeklu, klimatskim uvjetima, periodu berbe i načinu prerade, intenzitetu prženja zrna kafe te načinu pripreme napitka.